Die zwei auf der Voyager verbliebenen Crew-Mitglieder versuchen, das Schiff wieder in ihre Gewalt zu bekommen. Währenddessen kämpfen Janeway und die Crew auf Hanon IV gegen die feindlichen Ureinwohner. Kes wird von Ihnen entführt. Chakotay und Tuvok versuchen sie zu retten...

Tuvoks Geisteszustand verschlechtert sich zunehmend. Die einzige Lösung liegt in der Erforschung durch eine Gedankenverschmelzung. Tuvok führt diese mit Janeway durch. Zusammen erleben Sie noch einmal die erste Mission des Vulkaniers, an Bord der U.S.S. Excelsior unter Cpt. Sulu...

Harry Kim und Tom Paris werden auf einem Planeten terroristischen Aktionen beschuldigt und in ein grausames Gefängnis gesteckt. Während die beiden versuchen zu entkommen, schließt sich Janeway mit einer Gruppe von Terroristen zusammen, um die zwei zu retten...

Während der Doktor nach und nach seine Speicherinformationen verliert, weil er schon so lange aktiviert ist, wird die Voyager von einem ganzen Schwarm fremder kleiner Schiffe angegriffen...

Die Crew der Voyager entdeckt Replikator-Technologie und Bewohner des Alpha-Quadranten auf einem nahegelegenen Planeten. Als Chakotay und Paris hinunterbeamen, entdecken sie eine ausgebeutete und kämpfende Kultur - und zwei Ferengi, Arridor und Kol, eingedeckt mit Juwelen. Beide geben sich den anderen als Götter aus... (siehe TNG Episode 56 "Der Bazanhandel")

Die Voyager nimmt Passagiere von Enara Prime auf und lernt bald deren telepathischen Fähigkeiten kennen. B'Elanna hat bald Träume von ihrer Jugend, wo sie eine Beziehung mit Dathon hatte, einem Mitglied der Regressiven, einer Untergrundbewegung gegen enarische Technologie. Dann träumt sie von ihrem Vater Jareth, der Zeuge von der fast vollständigen Auslöschung der Bewegung wird. Ihr wird klar, dass die Enaraner einen Teil ihrer Geschichte verdrängen, jedoch ein Enaraner an Bord B'Elannas Erinnerungen nicht sterben lassen will...

Während eines Landurlaubs betritt Kes aus Versehen einen heiligen Schrein und fällt in einen komaartigen Zustand. Janeway bittet daraufhin den heiligen Rat des Planeten, sie in ein geheimes Ritual einzuführen, um Kes retten zu können...

Captain Braxton von einem Zeitschiff aus dem 29. Jahrhundert kontaktiert die Voyager und erklärt, dass diese für eine Katastrophe in seinem Jahrhundert verantwortlich sein soll. Deswegen soll die Voyager zerstört werden. Die Voyager kann erfolgreich die Waffen des feindlichen Schiffes ausschalten, gelangt jedoch in einen Raum-Zeit-Riß, der sie in den Alpha-Quadranten bringt, direkt zur Erde, jedoch in eine falsche Zeit: 1996. Mit Hilfe der Technologie aus dem 24. Jahrhundert versuchen Janeway und Chakotay verzweifelt nach einem Ausweg, um eine Umweltkatastrophe zu verhindern...

Während die Voyager ohne einsatzbereite Waffensysteme und Transporter über Nordamerika schwebt, gehen Tuvok und Paris in Los Angeles verloren, wo sie die Hilfe des jungen Astronomen Rain Robinson in Anspruch nehmen, und die Funktelefontechnik nutzen, um mit der Voyager Kontakt aufzunehmen. In der Zwischenzeit hat sich der Computer-Firmen-Boss Henry Starling Zugang zum Voyager-Computer verschafft und das Holodeck-Programm des Doktors gestohlen, um es dann mit der Technik des 29. Jahrhunderts zu modifizieren...

Als der Doktor und Kes drei Aliens behandeln, die zuvor auf einem driftenden Schiff im All gefunden wurden, stirbt einer der Alien, Tieran, ein politischer Extremist, nicht jedoch, ohne zuvor seinen Geist in den Körper von Kes zu transferieren. Er kontrolliert sie daraufhin völlig und mißbraucht dabei ihre mentalen Ocampa-Kräfte. Dann nimmt Kes/Tieran ein Shuttle, um einen Anschlag auf seinen Heimatplaneten Ilara zu verüben...

Während die Crew Zeuge mehrerer Supernova-Explosionen wird, erscheint Q in Janeways Quartier und bittet sie darum, sein Kind auszutragen. Eine eifersüchtige weibliche Q will Q daraufhin zurück ins Kontinuum holen. Dieser flüchtet mit Janeway und läßt die weibliche Q, beraubt von ihren Fähigkeiten, auf der Voyager zurück, gemeinsam mit der Crew den heranrasenden Schockwellen der Explosionen ausgesetzt...

Die halborganischen Teile der Voyager werden von einem Makrovirus befallen, der das Schiff lahmlegt und bald auch die Crew anzugreifen beginnt. Während Janeway durch dunkle Gänge kriecht, um das Alien aufzuspüren, geht der Doktor auf eine Außenmission zur Garan-Bergwerk-Kolonie, um die Quelle der mysteriösen Infektion zu finden...

Nachdem die Voyager-Crew eine stark bewachte Raumstation besucht hat, um Ersatzteile zu besorgen, begegnet Neelix seinem alten Vertrauten Wixiban, der ihn dazu bringen will, das Shuttle der Voyager als Drogentransporter zu benutzen. Als Wixiban einen seiner Drogenkäufer umbringt, sind plötzlich auch Chakotay und Paris in die Sache verwickelt...

Kim verliebt sich in Marayna, eine Holodeck-Figur. Dies verwirrt ihn jedoch und er bittet Tuvok, ihm zu helfen, seine Gefühle zu unterdrücken, wie es die Vulkanier tun. Doch als Tuvok dies versucht, verführt Marayna ihn ebenfalls. Das findet Kim gar nicht nett, bis Marayna schließlich ihre wahren Absichten aufdeckt...

Nachdem ihr Shuttle abgestürzt ist, wird eine stark verletzte Janeway von Vidianern angegriffen. Dem Tode nahe hat sie eine mysteriöse Begegnung mit ihrem Vater, Admiral Janeway...

Während der Erforschung einer dezimierten Kolonie, sieht sich das Außenteam plötzlich mit dem Ausbruch des vulkanischen Pon-Farr bei einem Crewmitglied konfrontiert. Unglücklicherweise werden dadurch auch noch Lt. Torres' klingonische Paarungsinstinkte ausgelöst. In der Zwischenzeit entdeckt Chakotay die Überreste von einem der Eindringlinge: ein Borg ! ...

Die Voyager findet ein Borg-Schiff, dass vom Kollektiv gelöst wurde. Sämtliche Borg sind wieder zu den Wesen geworden, die sie mal waren. Während einige darüber glücklich sind, wünschen sich andere das Borg-Kollektiv zurück, weil sie dadurch sehr mächtig waren. Währenddessen ist Chakotay als Reaktion auf einen Notruf mit dem Shuttle auf einem Planeten gelandet und wird sofort angegriffen. Er wird gerettet von einer Gruppe ehemaliger Borg. Seine neuralen Verletzungen können jedoch nur geheilt werden, wenn er sich kurz in das Borg-Kollektiv integrieren läßt...

Um seine Leistung als Schiffsdoktor zu verbessern, baut der Doktor einige historische Persönlichkeiten in seine Programmierung ein, doch einige davon haben auch dunkle Seiten und bald entwickelt der Doktor eine Art Mr. Hyde-Persönlichkeit...

Als ein Nezu-Planet von Asteroiden bombardiert wird und die Einwohner vor einer Evakuation stehen, sendet die Voyager Tuvok und Neelix, um bei der Rettung prominenter Nezu zu helfen. Bald stellt sich heraus, dass ein Verräter unter ihnen ist...

Nachdem Fähnrich Kim plötzlich abnormales Verhalten zeigt, führt er die U.S.S. Voyager instinktiv zu einem mysteriösen Planeten, der Taresianischen Heimatwelt. Dort wird ihm von der vorwiegend weiblichen Bevölkerung eine schockierende Geschichte über seine Geburt erzählt - Kim ist halb außerirdisch...

Als Kes in einer biotemporalen Kammer zur Verlängerung ihrer Lebensspanne behandelt wird, bleiben ihre Zellen in einem fluktuierenden Zustand, der sie aus der zeitlichen Synchronisation bringt. Sie reist in der Zeit vor und zurück, erlebt den Beginn und die letzten Phasen ihrer Ocampa-Lebenszeit und erhält einen flüchtigen Blick auf die Zukunft der Voyager...

Nachdem sich der Doktor eine holographische Frau und zwei Kinder erschaffen hat, verändert Torres das Programm mit mehr Realismus, um dem Doktor eine authentische Erfahrung zu ermöglichen. Sein Sohn interessiert sich plötzlich für klingonische Musik...

Die Crew der Voyager wird unerwartet zu einem Forschungsobjekt, als Wissenschaftler der Voth, einer saurier-ähnlichen Rasse, die Überreste von Lt. Hogan entdecken und eine Ähnlichkeit mit ihrer eigenen DNA feststellen. Als Gegen, der Chef-Forscher, daraufhin vorschlägt, der Ursprung der Voth sei die Erde, wird er vom Minister Odala als Ketzer verschrieen, da die Voth immer der Meinung waren, sie wären die erste intelligente Lebensform des Delta-Quadranten. Um seine Theorie zu beweisen, begibt sich Gegen mit seinem Assistenten Veer auf die Voyager, um das nächste Forschungsobjekt, Chakotay, zu entführen...

Nach und nach wird Janeways Crew rätselhafterweise mit Aliens von Nyria III ersetzt. Auch diese Wesen sind sehr verwirrt, da sie überhaupt nicht an die Temperatur und das Licht auf der Voyager gewöhnt sind. Während Janeway versucht, das Schiff unter Kontrolle zu halten, wird die entführte Crew in eine idyllische, aber künstliche Welt integriert...

Die Crew entdeckt ein geheimes Holodeck-Programm, bei dem Seska und der Maquis einen Aufstand auf der Voyager durchführen. Als einige Crewmitglieder unerlaubterweise das Programm ausführen, finden sie sich alle in der Rolle eines Sternenflotten-Sicherheitsoffiziers, und werden von Chakotay dazu überredet, dem Maquis zu helfen...

Als die Crew in ein gefährliches Borg-Territorium vorstößt, wird sie Zeuge der fast völligen Vernichtung einer Borg-Armada durch eine mysteriöse Lebensform, die sowohl gegen die Waffen der Borg als auch gegen die der Voyager immun ist. Als Kim und Chakotay mit einem Außenteam das beschädigte Borgschiff erkunden, können sie das Bio-Schiff der fremden Lebensform erforschen. Kurz bevor sie zurückbeamen, wird Kim von dem Alien angegriffen. Als er in der Krankenstation liegt, übernehmen die fremden Zellen die Kontrolle und wandeln ihn in ein Alien um. Kes hat eine grauenvolle Vorahnung. Während Kim um sein Leben kämpft, sucht Janeway auf dem Holodeck bei Leonardo da Vinci um Rat...